作者：章立凡
1912年1月19日，南京中华民国临时政府教育部令：小学堂读经科一律废止。这是教育总长蔡元培启用教育部印信的当日发布的。5月，教育部再度下令：废止师范、中、小学读经科；7月，蔡元培在全国第一届教育会议上提出：各级学校不应祭孔——“忠君与共和政体不合，尊孔与信教自由相违”……
颁行上述举措的蔡元培（1868―1940），字鹤卿，号孑民，浙江绍兴人，清光绪十八年（1892年）进士及弟，授翰林院庶吉士。他原是维新派中的一员，后弃官从事教育事业，并逐渐转向革命。1902年同蒋智由等在上海创办中国教育会并任会长，创立爱国学社、爱国女学。1904年他在上海组建光复会，翌年光复会并入同盟会，他被孙中山委任为同盟会上海分会负责人。1907年赴德国莱比锡大学听课，研究心理学、美学、哲学，在德期间著有《中国伦理学史》等著述。1911年辛亥革命爆发，蔡元培取道西伯利亚回国，并于1912年（民国元年）1月出任南京临时政府教育总长。
正是这样一位学贯中西、受过全套传统教育而又从封建营垒中杀出的人物，废止了历代封建王朝正统教育的读经制度，提出以军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育，取代清末“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”的教育宗旨。他认为：“教育有二大别：曰隶属于政治者，曰超轶乎政治者。专制时代（兼立宪而含专制性质者言之），教育家循政府之方针以标准教育，常为隶属于政治者。共和时代，教育家得立于人民之地位以定标准，乃有超轶政治之教育。” 凭着这样的理念，他创建了近代中国的教育体系。
出掌北大，宗旨正大
袁世凯篡夺辛亥革命果实后，蔡元培不愿与袁政府合作，于1912年7月辞职，翌年赴法国从事学术研究。1916年袁世凯死后，黎元洪出任大总统，北京政府明令恢复了民初《临时约法》，蔡元培应邀回国，同年12月26日被任命为北京大学校长。
北京大学前身即清末之京师大学堂，实为一座“官僚养成所”，衙门习气深重。据蔡元培自述：回国后“初到上海，友人中劝不必就职的颇多，说北大太腐败，进去了，若不能整顿，反于自己的声名有碍，这当然是出于爱我的意思。但也有少数的说，既然知道他腐败，更应进去整顿，就是失败，也算尽了心；这也是爱人以德的说法。我到底服从后说，进北京”（蔡元培：《我在北京大学的经历》）。
蔡元培抱着改革教育、清除积弊的理念，于1917年1月8日到北京大学上任。他认为：“我们第一要改革的，是学生的观念”。到校视事的第二天，他发表了就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：一日抱定宗旨，二日砥砺德行，三日敬爱师长。这三点要求，都是有针对性的。
蔡元培在1906年曾任京师大学堂译学馆教员，讲授国文及西洋史，故对清末以来大学生的积习，有着深刻的了解：
他们平日对于学问上并没有什么兴会，只要年限满后，可以得到一张毕业文凭。教员是自己不用功的，把第一次的讲义，照样印出来，按期分散给学生，在讲坛上读一遍，学生觉得没有趣味，或瞌睡，或看看杂书，下课时，把讲义带回去，堆在书架上。等到学期、学年或毕业的考试，教员认真的，学生就拼命的连夜阅读讲义，只要把考试对付过去，就永远不再去翻一翻了。要是教员通融一点，学生就先期要求教员告知他要出的题目，至少要求表示一个出题目的范围；教员为避免学生的怀恨与顾全自身的体面起见，往往把题目或范围告知他们了。于是他们不用功的习惯，得了一种保障了。尤其北京大学的学生，是从京师大学堂“老爷”式学生嬗继下来（初办时所收学生，都是京官，所以学生都被称为老爷，而监督及教员都被称为中堂或大人）。他们的目的，不但在毕业，而尤注重在毕业以后的出路。所以专门研究学术的教员，他们不见得欢迎；要是点名时认真一点，考试时严格一点，他们就借个话头反对他，虽罢课也所不惜。若是一位在政府有地位的人，来兼课，虽时时请假，他们还是欢迎得很；因为毕业后可以有阔老师做靠山。这种科举时代遗留下来劣根性，是于求学上很有妨碍的。（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
这些积习，在今天的大学中（特别是在混学历的官员中），也是屡见不鲜的。有鉴于此，蔡元培特别强调学生求学“必有一定宗旨”，求学不应以做官发财为目的：“大学者，研究高深学问者也”，不同于一般“学成任事”的专门学校；并指出“果欲达其做官发财之目的，则北京不少专门学校，入法科者尽可肄业法律学堂，入商科者亦可投考商业学校，又何必来此大学？所以诸君须抱定宗旨，为求学而来。入法科者非为做官，入商科者非为致富”；“若徒志在做官发财，宗旨既乖，趋向自异。平时则放荡冶游，考试则熟读讲义，不问学问之有无，惟争分数之多寡。试验既终，书籍束之高阁，毫不过问。敷衍三、四年，潦草塞责，文凭到手，即可借此活动于社会，岂非与求学初衷大相背驰乎？”
蔡元培在演说中痛陈：学生在校如果不能“植其基，勤其学”，即便将来出而仕事，“担任讲席则必贻误学生，置身政界则必贻误国家，是误人也。误已误人，又岂本心所愿乎？故宗旨不可以不正大。”（蔡元培：《就任北京大学校长之演说》）在第二年的北大开学式演说中，他又明确提出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格”（蔡元培：《北京大学开学式之演说》）。蔡元培的这些办学主张，足令后世以大学为学店、以学历为利禄身阶者汗颜。
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求贤若渴，唯才是举
蔡元培分析北大学子的心态说：“求学于此者皆有做官发财思想，故毕业预科者多入法科，入文科者甚少，入理科者尤少，盖以法科为干禄之终南捷径也。因做官心热，对于教员，则不问其学问之浅深，惟问其官阶之大小。官阶大者，特别欢迎，盖为将来毕业有人提携也” （蔡元培：《就任北京大学校长之演说》）。由于当时的中国政法学者多入政界，专任教授者甚少，多由官员兼职，蔡元培认为这是“不得已之举”，“要打破这些习惯，止有从聘请积学而热心的教员着手” （蔡元培：《我在北京大学的经历》），并着手加强文、理等学科的师资力量。
蔡元培到北京后，曾向老友汤尔和探讨整顿北京大学校务，汤向他推荐了《新青年》主笔陈独秀，蔡与陈本是相识已久的革命同志，他翻阅了《新青年》，并向汤打听到陈在北京的住处。他被任命为北大校长的当日，就到西河沿中西旅馆访问陈独秀，力劝陈出任北大文科学长。陈独秀回忆说：“蔡先生约我到北大，帮助他整顿学校。我对蔡先生约定，我从来没有在大学教过书，又没有什么学位头衔，能否胜任，不得而知。我试干三个月，如胜任即继续干下去，如不胜任即回沪”（石元皋：《陈独秀生平点滴》）。考虑到出任文科学长需要一定资历方能通过，蔡元培甚至为陈杜撰了履历，使他顺利地到北大任教，《新青年》杂志社也随之迁至北京。
1917年7月，另一位新文化领袖、白话文运动的倡导者胡适，从美国学成回国，被蔡元培聘为北大教授，并因胡适的介绍引进了不少新派学者。蔡元培后来回忆说：“那时候因《新青年》上文学革命的鼓吹，而我们认识留美的胡适之君，他回国后，即请到北大任教授。胡君真是‘旧学邃密’而且‘新知深沉’的一个人，所以一方面与沈尹默、兼士兄弟，钱玄同，马幼渔，刘半农诸君以新方法整理国故，一方面整理英文系；因胡君之介绍而请到的好教员，颇不少。” （蔡元培：《我在北京大学的经历》）
被蔡元培聘入北京大学的，还有中国最早的马克思主义传播者李大钊。蔡、李二人于1917年在北京相识后，在“教育救国”及“兼容并包”上多有共识，。1918年，北大逻辑学教授章士钊请辞兼任的图书馆主任一职，并推荐李大钊接任。据章回忆说，自己“所以兼图书馆主任者，无非为著述参考之便，而以吾萦心于政治之故，虽拥有此好环境，实未能充分利用；以谓约守常（李大钊字守常）来，当远较吾为优，于是有请守常代替吾职之动议。时校长为蔡孑民，学长陈独秀，两君皆推重守常，当然一说即行”（章士钊《李大钊先生传序》）。后来，湖南青年毛泽东因准岳丈杨昌济教授的推荐，被李大钊接受为图书馆助理员，并到北大旁听。
蔡元培延聘师资唯才是举，不拘一格。哲学家梁漱溟1917年受聘担任北大哲学门讲师时，年仅24岁。据梁先生回忆，蔡先生是因看到他以近世西洋学说阐扬印度佛家理论的《究元决疑论》（发表于上海《东方杂志》）后提出聘请的：“记得蔡先生和陈独秀先生（新任文科学长相当于后来之文学院长），以印度哲学讲席相属之时，我本不敢应承的。我说，我只不过初涉佛典，于此外的印度哲学实无所知。而据闻在欧洲在日本一般所谓印度哲学，皆指‘六派哲学’而言，其中恰没有佛家。蔡先生反问，‘你说你教不了印度哲学，那么，你知有谁能教印度哲学呢?’我说不知道。蔡先生说，‘我们亦没有寻到真能教印度哲学的人。横竖彼此都差不多，还是你来吧!你不是爱好哲学吗？我此番到北大，定要把许多爱好哲学的朋友都聚拢来，共同研究，互相切磋，你怎可不来呢？你不要当是老师来教人，你当是来合作研究，来学习好了。’他这几句话打动了我，只有应承下来。”（梁漱溟：《忆往谈旧录》）
但蔡元培遴选教员，也有其严格的一面。当时北大各科尚有若干洋教员，皆从中国驻外使馆或外国驻华使馆请托介绍而来，学问参差不齐，来校后又感染了中国教员的懒散习气，北大依照合同辞退了其中不合格的数人。于是有洋教员要控告校长，英国教员克德来、燕瑞博请英国公使朱尔典来同他谈判，均为所拒。朱尔典曾扬言“蔡元培是不要再做校长的了”，蔡则一笑置之。
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厉行改革，健全学制
五四精神是“科学与民主”。蔡元培是将教育科学化的第一人，也是推行大学管理民主化的第一人。蔡元培曾谈到：
我那时候有一个理想，以为文、理两科，是农、工、医、药、法、商等应用科学的基础，而这些应用科学的研究时期，仍然要归到文理两科来。所以文理两科，必须设各种的研究所；而此两科的教员与毕业生必有若干人是终身在研究所工作，兼任教员，而不愿往别种机关去的。所以完全的大学，当然各科并设，有互相关联的便利。若无此能力，则不妨有一大学专办文理两科，名为本科，而其他应用各科，可办专科的高等学校，如德法等国的成例。以表示学与术的区别。因为北大的校舍与经费，决没有兼办各种应用科学的可能，所以想把法律分出去，而编为本科大学；然没有达到目的。
他在北大校长任内，推行了一系列教育体制的改革。1917年10月，他主持召开了北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程。胡适建议改分级制为选科制，此议获通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，预科应修满40个单位；本科应修满80个单位，修满即可毕业，不拘年限；选修科目可以跨系。这是中国的大学选修课及学分制的由来。蔡元培说：
那时候我又有一个理想，以为文理是不能分科的。例如文科的哲学，必植基于自然科学；而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学与美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理学的人文方面，应属文科，而地质地文等方面属理科。历史学自有史以来，属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。所以把北大的三科界限撤去而列为十四系，废学长，设系主任。（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
为推行他的“沟通文理”主张，蔡元培率先提出了将大学分为本科与专科的创议。他于1917年1月提出大学改制议案：大学专设文、理二科，其法、医、农、工、商五科，别为独立大学（蔡元培：《大学改制之事实及理由》），但在当时未能成功。1918年10月，他再度向专门以上学校校长会议建议：大学本科，“融通文、理两种之界限：习文科各门者，不可不兼习理科中之某种（如习史学者，兼习地质学；习哲学者，兼习生物学之类）；习理科者，不要不兼习文科之某种（如哲学史、文明史之类）。”1919年，北京大学正式实行“废科设系”，改原隶属于科的学门为系，设立十四个系，废学长，设系主任。
蔡元培鉴于北大商科毫无设备，仅有普通商业学教课，于是将商科并入法科。当时北大预科的设置受教会学校影响，偏重英语及体育，其他科学则比较落后。学生毕业后若直升本科，学习上会发生困难。蔡元培在校长任内加以改革，使预科直接受本科学长的管理，不再设预科学长。预科中主要的教课，均由本科教员兼任。
蔡元培身为北大校长，视野却放在高等教育的全局。他说：“我没有本校与他校的界限，常为之通盘打算，求其合理化。”当时北大设文、理、工、法、商五科，北洋大学有工、法两科，北京另有一工业专门学校，三者都是国立院校。蔡元培以为无此重复的必要，主张以北大的工科并入北洋，停办北洋法科，得北洋大学校长同意及教育部核准，北大的工科的土木与矿冶并入了北洋大学，将工科省下来的经费转用在理科上。
蔡元培对北大的一大贡献，是接受胡适的建议，仿效美国大学建制，推行“教授治校”制度。他提出：第一步“组织评议会，给多数教授的代表，议决立法方面的事；恢复学长的权限，给他们分任行政方面的事”；第二步“组织各门教授会，由各教授与所公举的教授会主任分任教务。将来更要组织行政会议，把教务以外的事务，均取合议制。并要按事务性质，组织各种委员会，来研究各种事务”。（蔡元培：《回任北京大学校长在全体学生欢迎会上演说》）
此时，蔡元培邀请他早年的学生、美国教育家杜威的得意弟子蒋梦麟到北大共事。他请蒋通盘计划，设立教务、总务两处及聘任财务等委员会，均以教授为委员。蒋出任总务长，顾孟余任教务长。1930年，三度代理校长的蒋梦麟正式执掌北大，提出“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的十六字方针，进一步健全了北大的管理制度。
蔡元培的教育理念是民主，他不仅推行教授治校，也主张学生自治，鼓励学生组建自己的社团。他认为组织学生自治会“可以把治者与被治者的分别去掉”“由学生传之各地方，一定可以提起国民自治的精神”。（蔡元培：《在北京高等师范学校学生自治会演说词》）当时的北大成立了许多学生社团，组织各种社会、文化活动并办刊、出书，都得到蔡元培的支持，其中最著名是傅斯年、罗家伦组织的新潮社、许德珩、易克嶷等组织的国民社，以及由守旧派教员支持的国故社。五四运动就是由前两个学生社团组织发动起来的。
蔡元培素来主张男女平等。1919年10月，胡适发表《大学开女禁的问题》，主张在北大收女生旁听作为正式女生的过渡，呼吁社会改革女子教育，这个主张得到他的赞同。1920年春，北大就招收女生9人入文科旁听，暑假又正式招收女生，开中国大学男女同校之先河。蔡元培曾谈到：“有人问我：‘兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准?’我说：‘教育部的大学令，并没有专收男生的规定；从前女生不来要求，所以没有女生；现在女生来要求，而程度又够得上，大学就没有拒绝的理。’这是男女同校的开始，后来各大学都兼收女生了。” （蔡元培：《我在北京大学的经历》）
蔡元培提倡“劳工神圣”，同时为穷人争取平等教育权利。1915年6月，他在法国与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，提倡勤工俭学，后来成为中共领袖的周恩来、邓小平等人，皆通过该会的渠道赴欧洲学习。1919年3月，他在北京与少年中国学会的王光祈、李大钊等发起工读互助团，并组织募捐，帮助贫苦青年实行半工半读。
为使本科毕业生继续从事较深的专门研究，蔡元培还接受胡适的提议，计划设立自然科学、社会科学、文学、国学四种研究所，并先办起了国学研究所。北大在蔡元培任内以文科见长，但他也十分注重理科的建设，请到了李四光等名师到校执教，以求达到各系平均发展的境界。1930年蒋梦麟继任后，北大理科有了长足的发展。针对守旧派的尊孔以及以孔教为国教的主张，蔡元培提出“以美育代宗教”的创议，在北大先后成立了书法研究会、书画研究会、音乐研究会。
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思想自由，兼容并包
蔡元培执掌北大之后，贯彻“思想自由，兼容并包”的办学方针，提倡学术民主。他聘请陈独秀、李大钊、胡适、钱玄同、鲁迅、周作人等“新派”人物来校任教，使之成为新文化运动的中心和各种社会思潮的策源地，中国共产党的三位主要创始人陈独秀、李大钊、张申府都是北大教员。蔡元培在积极提倡新文化的同时，并不排斥旧学，一些站在新文化运动对立面的旧学代表人物，如主张清室复辟的辜鸿铭、鼓吹洪宪帝制的刘师培以及国学家黄侃等，也同时在北大执教。
据北京大学1918年初的统计，全校教员217人中有90位教授，平均年龄仅30余岁。对76人的统计显示：50岁以上6人，35岁以下43人，其中陈独秀39岁，梁漱溟24岁，徐家璜25岁，朱家骅26岁，李大钊、刘文典、胡适28岁，这在当今的大学中是无法想象的。当时北大本科学生平均年龄为24岁，师生年龄段的接近，给校园带来了清新活跃的学风，其中傅斯年、罗家伦、顾颉刚、冯友兰等，后皆成为一代学术宗师。
蔡元培说：
我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。最明白的，是胡适之君与钱玄同君等绝对的提倡白话文学，而刘申叔、黄季刚诸君仍极端维护文言的文学；那时候就让他们并存。我信为应用起见，白话文必要盛行，我也常常作白话文，也替白话文鼓吹；然而我也声明：作美术文，用白话也好，用文言也好。例如我们写字，为应用起见，自然要写行楷，若如江艮庭君的用篆隶写药方，当然不可；若是为人写斗方或屏联，作装饰品，即写篆隶章草，有何不可? （蔡元培：《我在北京大学的经历》）
他虽然主张“兼容并包”，但仍坚持自己的新文化主张：“我素来不赞成董仲舒罢黜百家独尊孔氏的主张。清代教育宗旨有“尊孔”一款，已于民元在教育部宣布教育方针时说他不合用了。到北大后，凡是主张文学革命的人，没有不同时主张思想自由的；因而为外间守旧者所反对。“（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
当时守旧派的代表人物林纾，在《公言报》发表致蔡元培的公开信，对北大的办学方针提出挑战。他攻击新式教育“尽反常轨，侈为不经之谈”，“覆孔、孟，铲伦常为快”，认为提倡白话文“尽废古书，行用土语为文字……则凡京津之稗贩，均可用为教授矣”；他还告诫蔡元培说：“大学为全国师表，五常之所系属”，“今全国父老以子弟托公，愿公留意，以守常为是”。他在《学衡》杂志发表的另一版本公开信中，更大骂“神圣学校，几为万恶之府矣”，“不顾是非利害，不计将来之效果，信口狂言，以全国天真烂漫之少年，为其试验品，为其功利名誉之代价，是可忍孰不可忍！”；
蔡元培立即发表公开信回击，驳斥林纾的造谣诬蔑。他指出林所责备者“不外两点：一曰‘覆孔、孟，铲伦常’，二日‘尽废古书，行用土语为文字’”。他要求林纾提出证据，北京大学教员在校内校外，何时何地发表过“覆孔、孟，铲伦常”的言论？他还举证指出，北大教员中研究孔孟乃至尊孔的大有人在，至于教员在《新青年》杂志中，“偶有对于孔子学说之批评，然亦对于孔教会等托孔子学说以攻击新学说者而发，初非直接与孔于为敌也”。“白话与文言，形式不同而已，内容一也”；蔡元培还以子之矛攻子之盾，指出严复翻译西方学术著作，林纾翻译外国小说，都是由白话译成文言，“公能谓公及严君之所译，高出于原本乎？”林翻译过《茶花女》、《迦茵小传》、《红礁画桨录》等言情小说，亦曾在各学校讲授古文及伦理学，如果有人以此“诋公为以此等小说体裁讲文学，以狎妓，奸通，争有妇之夫讲伦理者，宁值一笑欤?”
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蔡元培在这封公开信中，重申了自己的办学原则：
（一）对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容并包主义，与公所提出之“圆通广大”四宇，颇不相背也。无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。
（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。（蔡元培：《致《公言报》函并答林琴南函》）
北京大学“思想自由，兼容并包”的宽松环境，“教育独立”理念下的制度改革，学生自治下的自由结社……没有这些元素的存在，也就不会有五四运动和五四精神。
保护学生，去职复归
蔡元培在北大的推行的教育改革，一直受到北洋安福系政客的攻击。他发表致林纾的公开信后四十七天，北京爆发了五四运动。
1919年春，中国以战胜国的地位出席巴黎和会，却未能废除列强在华特权及袁世凯与日本签订的《二十一条》密约。5月1日，外交失败的消息传到北京，次日，研究系的林长民在《晨报》发表《外交警报敬告国民》，披露了这一消息。同日，蔡元培也将北京政府密令签约的内幕告知北大学生罗家伦、傅斯年，并召集全校教职员开会商讨挽救之策。
5月4日北大学生结队出发请愿时，蔡元培有过劝阻之举，但很快就放弃了。他一向主张“读书不忘救国”，同时也认为：“学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等政治的组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校”。过去他也曾两次劝阻过学生游行，但这一次态度不同：他在电话中回答教育总长傅增湘说：“学生爱国运动，我不忍阻止。”
游行学生焚烧曹汝霖住宅、痛殴章宗祥的事件发生后，蔡元培全力营救被捕学生，尽到了一位大学校长的天职。当时北大师生齐集法学院大礼堂商议营救办法，蔡元培在询问了学生受伤和被捕情况后说：“我做校长的有责任保护我的学生。我要救出这三十几个学生来。你们现在都回教室，我保证尽我最大的努力。”
5月5日，教育部下令要求各校校长将为首滋事学生一律开除。当日下午，蔡元培等十四所大专院校校长在北大开会，认为事件“乃多数市民运动，不可让被拘少数学生负责。若指此次运动为学校运动，亦当由各校校长负责”，蔡元培表示“愿以一人抵罪”，当场议决成立校长团，向当局请愿营救。5月7日北京政府迫于全国舆论压力，释放了被捕学生，蔡元培亲率全体师生到北大红楼前广场迎接。
北洋当局认为蔡元培是学潮的幕后指使人，内阁会议上提出了解散北京大学，撤换蔡元培等主张，教育总长傅增湘也遭众人围攻。被捕学生安全返校后，蔡元培为承担责任，于8日提出辞呈。同日，北京政府内定由马其昶取代蔡元培，并下达三道命令：查办北京大学校长，将已释放的学生送交法庭，整饬学风。其中查办令因傅增湘拒绝副署未能公布。在这种情势下，蔡元培决定挂冠出走。
5月9日清晨，蔡元培离开北京，经天津南下上海，转抵杭州。他发表出京启事表明心迹说：“我倦矣！‘杀君马者道旁儿。’‘民亦劳止，汔可小休’。我欲小休矣！北京大学校长之职，已正式辞去；其他有关系之各学校、各集会，自五月九日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。”
蔡元培挂冠出走后，北大师生一再向教育部请愿，要求挽留蔡校长，其他院校师生也一齐声援。北京各大专院校校长同上辞呈，表示与蔡共去留。5月19日，北京学生总罢课。五四运动的影响播及全国，引发了全国学生的罢课，工商各界同仇敌忾，以罢工罢市作为声援。北京政府迫于压力，下令慰留蔡元培，罢免曹汝霖、章宗祥、陆宗舆，电令中国代表团从缓在巴黎和约上签字。
6月15日，蔡元培发表《不肯再任北大校长的宣言》，提出：一、我绝对不能再作那政府任命的校长；二、我绝对不能再作不自由的大学校长；三、我绝对不能再到北京的学校任校长。
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蔡元培在痛陈教育官僚化的种种积弊后指出：“我是个痛恶官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息么？我将进北京大学的时候，没有想到这一层，所以两年有半，天天受这个苦痛。现在苦痛受足了，好容易脱离了，难道还肯投入进去么？”
他强调：“思想自由，是世界大学的通例。得意志帝政时代，是世界著名开明专制的国度，他的大学何等自由。那美、法等国，更不必说了”；“北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的”，自己到任后稍稍有所革新，就被守旧势力视为“洪水猛兽”，“又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学吗？还要我去充这种大学的校长吗?”
他认为“北京是个臭虫窠”，“无论何等高尚的人物，无论何等高尚的事业，一到北京，便都染了点臭虫的气味。我已经染了两年有半了，好容易逃到故乡的西湖、鉴湖，把那个臭气味淘洗干净了。难道还要我再作逐臭之夫，再去尝尝这气味么？”
这三个“不”字，真是掷地有声。有学者总结说，蔡元培提出了中国现代大学的三项基本原则：第一，大学应当是独立的和自主的；第二，大学应当具有思想自由和学术自由；第三，大学学术与思想自由需要相应的自由的社会政治环境。
五四运动的目标实现后，各校秩序恢复，因蔡元培拒绝回任，北京大学群龙无首。北京政府曾一度任命胡仁源继任北大校长，但因学生反对不能到校。北京教育界及北大师生派出代表，到杭州恳请他回校。蔡元培回忆说：“各方面都要我复职。我离校时本预定决不回去，不但为校务的困难，实因校务以外，常常有许多不相干的缠绕，度一种劳而无功的生活……但是隔了几个月，校中的纠纷，仍在非我回校，不能解决的状态中，我不得已，乃允回校。” （蔡元培：《我在北京大学的经历》）
蔡元培最终应允复职，只做北京大学师生的校长。他向全国学联代表发出“读书不忘救国，救国不忘读书”的忠告，并发表《告北大学生暨全国学生书》，提出学生救国，重在专研学术，不可常为救国运动而牺牲。9月20日，蔡元培重回北大视事。到校后，他在全体学生欢迎会演说，重申民主治校的理念：“德国大学学长、校长均每年一换，由教授会公举；校长且由神学、医学、法学、哲学四科之教授轮值；从未生过纠纷，完全是教授治校的成绩。北大此后亦当组成健全的教授会，使学校决不因校长一人的去留而起恐慌”。（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
蔡元培从1917年出任北京大学校长，到1927年离任，其间因出国考察等原故，实际主事五年半，后期多由蒋梦麟代理。他在十年半的任期内，因各种政治原因，曾七次提出辞职，毫无恋栈，足见他从来就不是一个教育官僚。1927年南京国民政府成立后，在蔡元培、李石曾等的推动下，成立了中华民国大学院，蔡元培出任院长，在全国推行大学院区制度，以贯彻他的“教育独立”构想，但实行两年后，即在国民党内外各方的反对下归于失败。此后，他出任中央研究院院长，直到逝世。
抚今追昔，蔡公何在？
当抗日战争的烽火燃遍中国大江南北之时，这位伟大的思想家、教育家的生命之火燃到了尽头。1940年3月5日，蔡元培在香港赍志以殁。
蔡元培的道德文章和教育成就，得到中国各派政治力量的一致推重。国民党总裁蒋介石和中共领袖毛泽东先后发来唁电。3月10日出殡，由北大学生护送灵柩，香港各学校、各商店均悬半旗志哀，执绋者五千余人，参加公祭的各学校学生及社团代表万余人。中央研究院同仁挽联是：“道德救国，学术救国；中心藏之，何日忘之。”
3月16日，国民政府发布褒扬令，特拨付5000元作为丧葬费用。24日上午，陪都重庆各界举行公祭，蒋介石亲临主持。同日，全国各省市均举行隆重的追悼大会。1947年5月9日，国民政府发布国葬令，为蔡元培举行国葬。
蔡元培逝世后，陈独秀发表追悼文章说：“五四运动，是中国现代社会发展之必然的产物，无论是功是罪，都不应该专归到那几个人；可是蔡先生、适之和我，乃是当时在思想言论上负主要责任的人”。他评价蔡元培的人品气度说：其一，他一生追求进步革新的人格魅力；其二，他博大的胸襟，容纳百川，不拒细流。（陈独秀：《蔡孑民先生逝世后感言》）
这些话并非溢美之词，从微观的角度观察，五四运动是爱国学生发动的一场学潮，而五四精神的代表人物陈独秀、胡适、蔡元培以及李大钊、鲁迅等，则并非这场学潮的实际发起者，对学潮的态度也各不相同。这三位新文化巨人中，陈独秀创办《新青年》，胡适提倡白话文，而蔡元培执掌北大，为新文化运动提供了舞台和人才。这一代1 9-20世纪之交中西文化对撞背景下产生的精英，是无法复制的。
五四纪念年年有，今年正值九十周年。新文化运动已离我们远去，尊孔读经又回来了，学术大师只见背影，诺贝尔奖纪录为零，教育的官僚化、功利化积重难返。当人们高标科学发展观，并重新认识民主这个“好东西”时，反思中国的教育，不禁会发出这样的感慨：像蔡元培那样的真正教育家——还会有吗？
2009年3月25日 风雨读书楼
（编辑：李锦泽）
